Se Locke è stato il primo filosofo ad affrontare il problema dell'origine delle idee ammettendo l'esistenza di una realtà esterna a noi, ma con le idee l'uomo cosa conosce? Locke, come è noto, riteneva che la nostra facoltà conoscitiva si innescasse da due sorgenti: la sensazione e la riflessione (Si veda Locke il significato di idea e l'origine delle idee) e che da queste due fonti avesse inizio il processo conoscitivo. Tuttavia le idee non permettono di conoscere la realtà esterna all'uomo ma con l'idea si conosce solo l'idea, problema ideogenetico viene affrontato da Locke in opposizione all'innatismo propugnato da Descartes ma per quanto riguarda il valore dell'idea egli non si distacca dall'atmosfera culturale dell'epoca fortemente impregnata di cartesianismo. Il problema della aderenza di un'idea con la realtà rappresentata venne affrontato da Locke introducendo una distinzione tra conoscenza immediata e conoscenza dimostrativa o in altre parole tra intuizione e dimostrazione, si tratta di due forme di conoscenza che avvengono con processo diverso: nel primo caso l'uomo intuisce immediatamente la validità di una determinata affermazione, ad esempio, se si dice che 3+2=5, mentre nel secondo caso il processo è più complesso in quanto il giudizio finale è il risultato mediato di più idee. La certezza del nostro io è una conoscenza immediata che avviene per intuizione mentre l'esistenza di Dio deve avvenire attraverso una dimostrazione. L'uomo conosce l'io intuitivamente e questa presa di coscienza ci permette di cogliere il complesso delle attività legate all'io; per quanto riguarda l'esistenza di Dio invece utilizza la seguente argomentazione: se esiste una realtà contingente e finita, per la legge della causalità deve esistere una realtà eterna. Analogo ragionamento viene utilizzato per dimostrare l'esistenza della realtà esterna. Le cose, egli teorizza, vengono conosciute attraverso una conoscenza per sensazione e sempre in base legge della causalità si può affermare che le idee non possono esistere di per sé ma necessitano di una sorgente esterna che consenta il nostro atto del conoscere.
Con la sensazione noi non siamo in grado di cogliere l'essenza delle cose, cioè cosa siano le cose, ma solo di constatarne l'esistenza. Noi possiamo essere certi di alcune proprietà delle cose come le proprietà primarie (estensione, solidità, forma, numero) mentre altre proprietà (colore, suono, sapore, calore) possono essere colte sul momento per sensazione. Il ragionamento di Locke arriva alla conclusione che l'uomo non può conoscere l'essenza reale delle cose, noi diamo alle cose dei nomi ma questi nomi costituiscono un'apparenza (essenza nominale) che rende inafferrabile il senso della realtà. All'uomo non rimane quindi che assumere un atteggiamento agnostico ammettendo la propria incapacità a cogliere l'essenza della realtà.
Il ragionamento utilizzato da Locke può lasciare perplessi dal punto di vista logico in quanto il ricorso alla legge della causalità in realtà non spiega nulla, egli vi ricorre senza chiarire il funzionamento di questo principio. Il nesso di causalità tra cose e idee, a suo parere, può essere colto solo nel momento in cui avviene la conoscenza per sensazioni e non dopo, un ulteriore distinguo che complica ancora di più la comprensione del suo ragionamento. Sulla inconoscibilità dell'essenza del reale egli invece arriva a constatare l'impotenza dell'uomo che può spiegare come le cose avvengono ma non il perché. Non possiamo non constatare che su questo punto Locke ha ragione: le scienze della natura infatti fanno dei continui progressi dal punto di vista conoscitivo, la somma delle conoscenze progredisce ad una tale velocità che noi siamo in grado di intervenire su problematiche che per molto tempo apparivano senza soluzione (si pensi solamente ai progressi nel campo della medicina) ma nonostante le conoscenze siano cresciute l'uomo non è in grado e non sarà mai in grado di cogliere l'essenza della realtà.
Solo Dio, afferma Locke, conosce l'essenza delle cose e solo Dio è in grado di dire cosa sia il pensiero e la materia, sulle questioni di carattere metafisico è meglio quindi sospendere ogni giudizio ed evitare polemiche che non solo non portano da nessuna parte ma sono foriere di divisioni e conflitti. Le facoltà conoscitive devono essere quindi impiegate non per affrontare questioni irrisolvibili come quelle derivanti dalla metafisica ma per risolvere i problemi di natura pratica. La conoscenza in definitiva per Locke deve essere funzionale alla soddisfazione dei bisogni e per risolvere questioni di carattere pratico.